morph cleanコマンドは、プロジェクト上のコンパイルファイルやキャッシュファイルをクリアするためのコマンドです。
morph clean
内部的なエラーが生じたり、コンパイルがうまくいかない時に一度プロジェクトの隠しファイルなどを綺麗にすることができます。