morph cleanコマンドは、プロジェクト上のコンパイルファイルやキャッシュファイルをクリアするためのコマンドです。

内部的なエラーが生じたり、コンパイルがうまくいかない時に一度プロジェクトの隠しファイルなどを綺麗にすることができます。